Hovedforskellen mellem protostomer og deuterostomer er, at i protostomer bliver blastopore munden, mens det i deuterostomer bliver anus. En anden væsentlig forskel er, at protostomers embryoner gennemgår spiral spaltning, mens embryoner fra deuterostomes gennemgår radial spaltning.
I forståelsen af disse to udtryk ville det være vigtigt at være opmærksom på, hvordan den embryonale udvikling af organismer finder sted. Det ville være særligt vigtigt at overveje dyr med en coelom, som er et væskefyldt hulrum, der ligger mellem endoderm (tarm) og mesoderm (hovedsagelig muskellag); med andre ord er coelom bughinden hos pattedyr. Protostomer og deuterostomer er de to hovedtyper af coelomate-dyr, og der er mange forskelle mellem dem. De adskiller sig primært i den måde, deres mund og anus er dannet under embryonale udviklinger.
