Hovedforskellen mellem cisgenese og intragenese er, at i cisgenese introduceres gener uden at foretage nogen ændring af DNA-sekvensen, og generne har sin native promotor, introner og terminatorsekvenser, mens gener i intragenesis kan designes ved hjælp af genetiske elementer fra andre planter med den samme seksuelt kompatible genpool.
Transgenese er den genetiske modifikation i en modtagerplante med gener fra enhver ikke-planteorganisme eller fra en donorplante, der er seksuelt uforenelig med modtagerplanten. Cisgenese og intragenese er to alternative begreber til transgenese. Begge finder sted mellem krydsbare arter. Cisgenese henviser til den genetiske modifikation af en modtagerplante med et naturligt gen fra en seksuelt kompatibel plante. Intragenese tillader derimod brugen af nye genkombinationer skabt af in vitro omarrangementer af funktionelle genetiske elementer. Begge begreber er dog baseret på brugen af gener fra den samme art eller nært beslægtede arter, der er seksuelt kompatible. Derfor er intragenese og cisgenese identiske med den genpulje, der er tilgængelig til konventionel avl.
