Hovedforskellen mellem taksonomi og systematik er, at taksonomi er disciplinen ved at klassificere organismer i taxa ved at arrangere dem på en meget ordnet måde, mens systematik er det brede felt af biologi, der studerer diversificeringen af arter.
Taxonomi og systematik er meget nært beslægtede discipliner inden for biologi. Alligevel er der interessante forskelle mellem taksonomi og systematik. På grund af den meget tætte lighed mellem disse to, ville mange af os forvente, at disse havde samme betydning. Derfor er det nødvendigt at studere disse to discipliner nøje for at forstå den faktiske forskel mellem taksonomi og systematik, fordi mange af os, herunder grundlæggende biologer, måske i en vis forvirring.