Hovedforskellen mellem E. coli og Klebsiella er, at E. coli er en gram-negativ stavformet bakterie, der er bevægelig, mens Klebsiella er en slægt af gram-negative stavformede bakterier, der er ikke-bevægelig.
Escherichia og Klebsiella er to almindelige slægter af coliforme bakterier. Begge slægter består af gramnegative, stavformede, ikke-sporedannende bakterier. E. coli er en art af Escherichia. Det er en bevægelig fækal coliform bakterie. Både E. coli og Klebsiella bakterier tilhører familien Enterobacteriaceae. De er en del af den normale flora i vores tarme. Desuden er de fakultative anaerober. Begge er generelt harmløse, men de bliver opportunistiske menneskelige patogener i visse situationer.