Hovedforskellen mellem E. coli og Pseudomonas aeruginosa er, at E. coli er en fakultativ anaerob bakterieart, der hører til familien Enterobacteriaceae og slægten Escherichia, mens P. aeruginosa er en aerob bakteriel art, der tilhører familien Pseudomonadadaceae og slægten Pseudomonas.
Både E. coli og Pseudomonas aeruginosa er gramnegative, stavformede og bevægelige bakterier. Desuden er de indkapslede bakterier. Men E. coli er en art af slægten Escherichia, mens P. aeruginosa er en art af slægten Pseudomonas.
