shRNA vs siRNA
Under processen med RNA-interferens (RNAi) slås ekspression af et målgen ned med høj specificitet og selektivitet. RNAi er en naturlig proces, og det involverer lille interfererende RNA (siRNA) og kort hårnål RNA (shRNA) og bi-funktionel shRNA. I øjeblikket anvendes RNAi i vid udstrækning som et værktøj til personlig kræftbehandling. Anvendelserne af RNAi udføres grundlæggende med de kemisk syntetiserede dobbeltstrengede siRNA og vektorbaserede shRNA-molekyler. Selvom disse to molekyler har lignende funktionelle resultater, adskiller de sig i deres struktur; således adskiller sig de to molekylers molekylære virkningsmekanismer, RNA-banerne og effekter uden for målgruppen.
shRNA
shRNA er en sekvens af et lille RNA-molekyle, der gør en tæt hårnålsdrejning, der kan bruges til at dæmpe et målgenekspression under RNAi. Ekspression af shRNA opnås ved hjælp af en vektor, som enten kan være en virus eller en bakterie eller ved levering af plasmider. De syntetiseres i cellekernen og transporteres til cytoplasmaet til yderligere processer. Disse molekyler har lignende modningsveje for miRNA; således har syntesen af miRNA givet grundlaget for forståelse af shRNA-syntese. Enten RNA-polymerase II eller III kan transkribere shRNA gennem RNA-polymerase II- eller III-promotorer. Fordelen ved brugen af shRNA'er er, at de har relativt lav nedbrydningshastighed og omsætning. Ulempen er, at den har brug for en ekspressionsvektor, som kan forårsage nogle sikkerhedsproblemer.
siRNA
siRNA'er er dobbeltstrengede RNA-molekyler sammensat af 20-25 basepar i længden. Disse bruges til gensuppression ved at dæmpe ethvert gen med komplementær nukleotidsekvens i RNAi-pathway. Gennedbrydning ved transfektion af siRNA mislykkes ofte på grund af den forbigående virkning; især i celler med hurtig opdeling, og undertrykkelsen varer ikke længere. For at overvinde dette problem ændres siRNA ved at indføre en kort hårnålestruktur. Dette modificerede molekyle derefter kendt som shRNA. shRNA skal konverteres til siRNA af en Dicer for at fortsætte sin normale funktion.
Hvad er forskellen mellem shRNA og siRNA?
• I modsætning til siRNA har shRNA en ekstra hårnålestruktur. shRNA er en modificeret version af siRNA.
• shRNA kræver en ekspressionsvektor, mens siRNA ikke gør det.
• shRNA kan bruges til langvarig knockdown, mens siRNA kun kan bruges til kortvarig knockdown af gener.
• I modsætning til genundertrykkelsen af siRNA er undertrykkelsen af shRNA langvarig, og hvis det indsættes via en passende viral vektor, kan det medføre permanente gen-dæmpningseffekter.
• Dicer kræves for at konvertere shRNA tilbage til siRNA-molekyle for at udføre dets normale funktioner.
