Hovedforskellen mellem zooplankton og fytoplankton er, at zooplankton er heterotrofisk ikke-fotosyntetisk plankton, der enten er protozo eller et dyr, mens fytoplankton er autotrofisk fotosyntetisk plankton, der enten er et diatom, cyanobakterier eller alger.
Planktoner er de små organismer, der lever og flyder i havene, havene eller ferskvandskropperne. De fleste af dem er mikroskopiske, og de er vigtige fødekilder til større dyr. Der er to hovedtyper af planktoner, nemlig zooplankton og fytoplankton. Zooplanktoner er heterotrofe, og de inkluderer dyr, der ikke er i stand til fotosyntese. På den anden side er fytoplankton fotosyntetisk plankton, som er autotrofisk. Desuden lagrer fytoplanktoner energi via fotosyntese, og zooplankton og nekton (store kropsdyr, der aktivt bevæger sig i vandsøjlen) lever af dem. Mennesker og andre rovdyr lever af nekton og nogle større zooplankton i stor skala. Også menneskelige aktiviteter såsom miljøforurening påvirker i vid udstrækning negativt på denne energistrøm, der starter fra fytoplankton.
