Nøgleforskel - Probe vs Primer
Den molekylære probe er et lille DNA- eller RNA-fragment, der genkender de komplementære sekvenser i DNA eller RNA og muliggør identifikation af målsekvensen. Primer er en lille strækning af DNA eller RNA, der tjener som udgangspunkt for DNA-syntese. Primere og prober hybridiserer med de komplementære nukleotider i skabelon-DNA'et eller mål-DNA'et. Imidlertid er nøgleforskellen mellem probe og primer, at primere er nødvendige for DNA-replikation, mens prober er nødvendige for påvisning af specifikke sekvenser i prøve-DNA'et.
INDHOLD
1. Oversigt og nøgleforskel
2. Hvad er probe
3. Hvad er primer
4. Sammenligning side om side - Probe vs primer
5. Sammendrag
Hvad er en sonde?
Probe er et lille fragment af DNA eller RNA, der anvendes til at detektere mål-DNA eller RNA i prøven ved molekylær hybridisering. De er også kendt som molekylære markører. Længden af sonden kan variere (100 til 1000 baser), og probe-nukleotider er komplementære til den del af målsekvensen. For at lette påvisning er sonder mærket med radioaktive isotoper eller med fluorescerende farvestoffer eller antistoffer. Prober binder til målsekvensens komplementære baser og afslører tilstedeværelsen af mål-DNA eller RNA i prøven. Der er to hovedmetoder til mærkning af prober: slutmærkning og oversættelse af nick. Prober er kategoriseret i forskellige typer inklusive DNA-prober, RNA-prober, cDNa-prober og syntetiske oligonukleotidprober, og de fremstilles ved anvendelse af forskellige teknikker.
Prober er vigtige værktøjer i mange mikrobielle og molekylære områder såsom virologi, retsmedicinsk patologi, faderskabstest, DNA-fingeraftryk, påvisning af genetiske sygdomme, RFLP, molekylær cytogenetik, in situ hybridisering osv.
Figur 01: Fluorescensmærket probe anvendt i FISH til detektion af patogen
Hvad er en primer?
Primer er et kort DNA- eller RNA-fragment, der fungerer som en initiator til DNA-syntese. DNA-polymeraseenzym tilføjer nukleotider til 3'OH-gruppen i primersekvensen og syntetiserer den nye streng, der er komplementær til skabelon-DNA'et. Primere er meget korte fragmenter med en længde på 18 til 20 nukleotider. De syntetiseres kemisk i laboratoriet til in vitro DNA-amplifikation (PCR). Primere kan have en hvilken som helst sekvens af nukleotider, da de er designet af brugeren. De syntetiseres for at matche med de komplementære baser af skabelon-DNA'et. Derfor kan den have en hvilken som helst sekvens af nukleotider. Primere er yderst vigtige for DNA-replikation, da DNA-polymerase ikke kan syntetisere nyt DNA uden et allerede eksisterende stykke DNA. Når du designer primerne til PCR, skal følgende ting overvejes:
- Primere skal indeholde de komplementære nukleotider til den flankerende ende af DNA'et, der ønsker at amplificere.
- Primerne bør have smeltetemperatur mellem 55 - 65 0 C
- G- og C-indholdet skal være mellem 50 og 60%.
To primere anvendes i PCR som frem og tilbage for at replikere begge tråde af prøve-DNA'et. Primere bruges almindeligvis til at udføre PCR- og DNA-sekventering.
Figur 02: Primerudglødning i PCR
Hvad er forskellen mellem sonde og primer?
Diff artikel midt foran bordet
Probe vs Primer |
|
| Probe er et lille fragment af DNA / RNA, der anvendes til at detektere tilstedeværelsen af målsekvensen i en prøve ved molekylær hybridisering. | Primer er en lille strækning af DNA eller RNA, der tjener som udgangspunkt for DNA-replikation. |
| Fungere | |
| Dette detekterer tilstedeværelsen af en specifik sekvens i prøven af DNA eller RNA. | Dette fungerer som et udgangspunkt for DNA-syntese. |
| Længde | |
| Længden kan være i området 100 - 1000 baser | Længden er generelt omkring 18 - 20 baser |
| Binding med supplerende sekvens | |
| Probe hybridiserer med de komplementære baser af målsekvensen | Primer annealer med de komplementære baser af DNA-strengene. |
| Mærkning | |
| Prober er mærket for nem detektion | Primere er generelt ikke mærket |
| Brug i PCR | |
| Prober bruges ikke i PCR | Primere anvendes i PCR |
Resumé - Probe vs Primer
Probe er et lille fragment af DNA- eller RNA-sekvens, der kan hybridiseres med komplementære nukleotider til påvisning af en målsekvens i prøven. Prober mærkes radioaktivt, immunologisk eller fluorescerende for at se tilstedeværelsen af målsekvensen. Primer er et meget lille DNA- eller RNA-fragment, der fungerer som udgangspunkt for in vitro DNA-amplifikation. DNA-polymerase identificerer 3 'OH-gruppeprimer og initierer opbygningen af en ny streng komplementær til skabelonen. Prober og primere fungerer på samme måde ved at hybridisere med komplementære nukleotider. Således er nøgleforskellen mellem sonde og primer deres primære funktion.
