Nøgleforskel - Nick Oversættelse vs Primer Extension
Nick oversættelse og primerforlængelse er to vigtige teknikker, der udføres i molekylærbiologi. Hovedforskellen mellem nick-translation og primerforlængelse er, at nick-translationsprocessen producerer mærkede prober til andre hybridiseringsteknikker, mens primer-ekstensionsmetoden identificerer en specifik RNA-sekvens fra en blanding og afslører information om ekspressionen af mRNA. Begge teknikker har stor betydning og udføres rutinemæssigt i molekylære forskningslaboratorier.
INDHOLD
1. Oversigt og nøgleforskel
2. Hvad er Nick-oversættelse
3. Hvad er Primer Extension
4. Sammenligning side om side - Nick Translation vs Primer Extension
5. Resume
Hvad er Nick-oversættelse?
Nick-translation er en vigtig teknik, der anvendes til at fremstille mærkede prober til forskellige molekylærbiologiske teknikker, såsom blotting, in situ-hybridisering, fluorescerende in situ-hybridisering osv. Det er en in vitro-metode til DNA-mærkning. DNA-prober bruges til at identificere specifikke DNA- eller RNA-sekvenser. Ved hjælp af en mærket probe kan specifikke fragmenter markeres eller visualiseres fra en kompleks blanding af nukleinsyre. Derfor fremstilles mærkede prober under anvendelse af forskellige teknikker, der kan anvendes til forskellige teknikker. Nick-translation er en sådan metode, der producerer mærkede prober ved hjælp af DNase 1- og DNA-polymerase 1-enzymer.
Nick-oversættelsesprocessen starter med DNase 1-enzymaktivitet. DNase 1 introducerer kryds i phosphatrygraden i dobbeltstrenget DNA ved at spalte phosphodiesterbindinger mellem nukleotider. Når først nicket er skabt, vil der fås 3'OH-gruppe i nukleotidet, og DNA-polymerase 1-enzym vil virke på det. 5 'til 3' exonukleaseaktivitet af DNA-polymerase 1 fjerner nukleotider fra nicket mod DNA'-strengens 3 'retning. Samtidig fungerer polymeraseaktivitet af DNA-polymerase 1-enzym og tilføjer nukleotider for at erstatte de fjernede nukleotider. Hvis nukleotiderne blev mærket, vil udskiftningen ske med de mærkede nukleotider, og det vil markere DNA'et til identifikation. Dette nyligt syntetiserede mærkede DNA kan bruges som prober i forskellige hybridiseringsreaktioner i molekylærbiologi.
Figur 01: Nick-oversættelsesproces
Hvad er Primer Extension?
Primerforlængelse er en teknik, der bruges til at finde specifik RNA-sekvens fra en RNA-blanding og lokalisere 5'-enden af mRNA-transkriptet. Det bruges også til at studere strukturen af RNA og ekspression. Primerforlængelsesmetode udføres med mærkede primere eller med mærkede nukleotider. Hvis der anvendes mærkede primere, udelukker det behovet for mærkning af de nukleotider, der anvendes til syntese af cDNA. Der er flere trin i denne teknik. Det starter med ekstraktion af RNA fra prøven. Derefter tilsættes en mærket oligonukleotidprimer til blandingen sammen med de nødvendige ingredienser til at syntetisere cDNA af en specifik RNA-sekvens. Primer annealer med den komplementære sekvens fra blandingen. Ved hjælp af primer udglødet sekvens som skabelon,enzymet revers transkriptase syntetiserer det komplementære DNA (cDNA) af RNA-sekvensen. Primerudglødning og omvendt transkription forekommer kun, når den specifikke RNA-sekvens er til stede i prøven. Endelig, når denaturerende gelelektroforese udføres, kan størrelsen af RNA-sekvensen bestemmes. Det er også let at finde +1-basen af mRNA-sekvensen (transkriptionsinitieringssted) ved primerforlængelsesmetoden. Mængden af mRNA, der er til stede i prøven, kan kvantificeres ved denne metode, hvis der anvendes overskydende primer. Det er også let at finde +1-basen af mRNA-sekvensen (transkriptionsinitieringssted) ved primerforlængelsesmetoden. Mængden af mRNA, der er til stede i prøven, kan kvantificeres ved denne metode, hvis der anvendes overskydende primer. Det er også let at finde +1-basen af mRNA-sekvensen (transkriptionsinitieringssted) ved primerforlængelsesmetoden. Mængden af mRNA, der er til stede i prøven, kan kvantificeres ved denne metode, hvis der anvendes overskydende primer.
Figur 02: Primerudvidelse
Hvad er forskellen mellem Nick Translation og Primer Extension?
Diff artikel midt foran bordet
Nick Translation vs Primer Extension |
|
| Nick-translation er en proces, der skaber mærkede DNA-prober til forskellige hybridiseringsreaktioner. | Primerforlængelse er en teknik, der bruges til at finde specifikt RNA eller til at studere genekspression. |
| Enzymer brugt | |
| DNase 1- og DNA-polymeraseenzymer anvendes. | Omvendt transkriptaseenzym anvendes. |
| Betydning | |
| Nick-oversættelse letter mærkning af specifik DNA-sekvens. | Primer-udvidelse muliggør påvisning af specifik mRNA-sekvensstørrelse og den mængde, der er til stede i prøven. |
Resumé - Nick Translation vs Primer Extension
Nick-translation er en metode, der bruges til at syntetisere mærkede prober baseret på aktiviteterne i DNase 1- og E coli-DNA-polymerase 1-enzymer. Det er en in vitro-metode, der anvendes i laboratorierne før forskellige hybridiseringsteknikker. Under nick-translationen fjerner 5'-3 'exonuclease-aktivitet af DNA-polymerase 1 nukleotider forud for nick, og polymeraseaktiviteten af DNA-polymerase 1 erstatter de fjernede nukleotider med mærkede nukleotider bag nikket. Primer-udvidelse er en metode, der bruges til at detektere et specifikt RNA-transkript fra en blanding og kvantificere størrelsen og mængden af interesse-RNA. Dette er forskellen mellem nick-oversættelse og primer-udvidelse.
