Hovedforskellen mellem primer og promotor er, at primer er en kommercielt syntetiseret kort DNA-sekvens, der anvendes i PCR til amplifikation af en mål-DNA-sekvens, medens promoter er en specifik DNA-sekvens, der tilvejebringer et sikkert indledende bindingssted for RNA-polymerase og transkriptionsfaktorer i for at indlede transkription.
Primer og promotor er to typer DNA-sekvenser. Primer er et lille DNA-fragment, der er nødvendigt til polymerasekædereaktion (PCR). Det har korte nukleotidsekvenser, der er komplementære til den flankerende ende af DNA-strengen. Der er to typer primere, og de fungerer som udgangspunkt for syntesen af nye DNA-tråde. I modsætning hertil er en promotor en specifik DNA-sekvens placeret opstrøms for transkriptionsinitieringsstedet for et gen. Det interagerer direkte med transkriptionsmekanismekomponenter såsom RNA-polymerase og transkriptionsfaktorer for at kontrollere DNA-transkription. Derfor binder RNA-polymerase og andre transkriptionsfaktorer til promotorsekvensen og initierer transkription.
