Hovedforskellen mellem endopeptidase og exopeptidase er, at endopeptidasen bryder peptidbindinger i proteinmolekylerne, mens exopeptidase spalter peptidbindinger ved terminalerne af proteinmolekylerne.
Proteiner er vigtige makromolekyler, som er essentielle for de fleste af de biokemiske reaktioner, der forekommer i alle organismer. Forskellige aminosyrer forbinder hinanden og danner disse proteiner. Desuden katalyserer enzymer hydrolysen af proteiner tilbage til aminosyrer. De er specifikke enzymer kaldet proteaser eller peptidaser. Derfor har de evnen til at nedbryde peptidkæder af proteiner til aminosyrer. Desuden kan peptidaser være endopeptidaser eller exopeptidaser.
