Hovedforskellen mellem fostervandsprøve og chorionisk villusprøveudtagning er, at der ved fostervandsprøve tages en lille mængde fostervand til test, mens der i chorionvillusprøveudtagning tages en lille prøve af moderkagen til test.
Amniocentese og chorionisk villusprøveudtagning er to prænatale diagnostiske procedurer, der bestemmer visse føtale genetiske abnormiteter. Disse tests afslører de genetiske defekter under graviditeten. Når der er en højere risiko for genetiske defekter, vil lægerne bestille chorionisk villusprøveudtagning, mens når der er relativt lav risiko, bestiller de at udføre en fostervandsprøve. Begge tests er sikre, men chorion villus test har en lidt højere risiko for abort end fostervandsprøve. Desuden kan chorion villus test udføres lidt tidligere end fostervandsprøve. En gravid kvinde kan overveje enten chorionisk villusprøveudtagning eller fostervandsprøve under lejlighederne, såsom at have en højrisikotest for Downs syndrom, have en oplevelse af genetiske defekter under den foregående graviditet,at have en eller flere pårørende ramt af en genetisk lidelse, have en scanning, der viser visse unormale ultralydsfunktioner eller for at sikre, at hendes baby har genetiske defekter osv.