Hovedforskellen mellem HPLC og GC er, at HPLC bruger en fast stationær fase og flydende mobil fase, mens GC bruger en flydende stationær fase og gasformig mobil fase.
HPLC og GC er begge metoder til adskillelse af forbindelser fra en blanding. Mens HPLC henviser til højtryksvæskekromatografi, er GC simpelthen gaskromatografi. Således gælder HPLC for bestanddele, der er væsker, men GC er nyttigt, når forbindelserne er gasformige eller de forbindelser, der gennemgår fordampning under separationsprocessen. Imidlertid har begge det samme underliggende princip om, at tunge molekyler flyder langsommere end lettere.
