Hovedforskellen mellem assimilerende og dissimilerende sulfatreduktion er, at assimilatorisk sulfatreduktion producerer cystein som et slutprodukt, mens dissimilatorisk sulfatreduktion producerer sulfid som et slutprodukt.
Sulfatreduktion er en af de vigtigste anaerobe åndedrætsveje. Desuden er nogle mikrober, der er afhængige af anaerobe forhold, i stand til at reducere sulfater for at opnå energi. Desuden er der to hovedveje, hvor sulfater reduceres; de er den assimilerende vej og den adskilte vej. Hvor reduktionen af sulfat i den assimilerende vej giver Cystein som slutprodukt, som kan assimileres i levende organismer såsom planter og højere eukaryoter. Tværtimod giver den spredningsvej for sulfatreduktion sulfid som slutprodukt. Derfor er den mest signifikante, skelne- lige forskel mellem assimilerende og dissimilerende sulfatreduktion typen af slutproduktet, som hver producerer.
