Hovedforskellen mellem ribozymer og proteinenzymer er, at ribozymerne er RNA-molekyler, der er i stand til at katalysere bestemte specifikke biokemiske reaktioner, mens proteinenzymerne er proteinmolekyler, der er i stand til at katalysere de fleste af de biokemiske reaktioner, der forekommer i de levende organismer.
Enzymer er biologiske katalysatorer, og de fremskynder hastigheden af biokemiske reaktioner. Generelt er alle enzymer proteiner, der består af aminosyrer. Derfor betegnes de også som proteinenzymer. Der er dog specifikke RNA-molekyler, der kan fungere som katalysatorer for specifikke biokemiske reaktioner. De er ribozymer eller ribonukleinsyreenzymer. Derfor udfører både ribozymer og proteinenzymer den samme funktion, som katalyserer biokemiske reaktioner.
