Hovedforskellen mellem metagenomics og metatranscriptomics afhænger af typen af biomolekyler undersøgt i hvert område. Metagenomics studerer DNA, dets sekvenser og dets opførsel i organismer, mens metatranscriptomics studerer det transkriberede DNA, hovedsageligt mRNA-sekvenser og dets adfærd i organismer.
Metagenomics og metatranscriptomics er to områder, der har vundet meget popularitet gennem årene i forhold til det mikrobielle samfund. De er vigtige inden for sundhedspleje, industri og landbrugsbioteknologi. Både metagenomics og metatranscriptomics tillader undersøgelse af individuelle organismer i et samfund og deres funktionelle roller, der enten er gavnlige eller skadelige.
