Nøgleforskellen mellem QTL og GWAS er afhængig af typen af sekvenser anvendt i analysen. QTL bruger koblingsgen loci til at analysere fænotypiske træk forbundet med polygen arv, mens GWAS bruger hele genom-sekvenser til at analysere enkelt nukleotidpolymorfier af en bestemt tilstand.
QTL-kort og GWAS spiller en vigtig rolle i de genetiske analyser for forskellige træk. Desuden er de vigtige til at analysere forskellige sygdomstilstande med ukendt ætiologi. Derudover spiller sekventering en nøglerolle i begge teknikker. Disse teknikker kan yderligere kombineres med andre teknikker med høj kapacitet for øget nøjagtighed og præcision.
