Hovedforskellen mellem auxotrofer og prototrofer er, at auxotrofer er mutante mikroorganismer, der har mistet evnen til at producere en bestemt organisk forbindelse, der kræves til deres vækst, mens prototrofer er mikroorganismer af vild type, der er i stand til at producere alle krævede organiske forbindelser.
Mikroorganismer viser forskellige former for ernæring. Især har bakterier forskellige evner. Nogle bakterier er i stand til at fotosyntese og producere deres egen mad, mens nogle bakterier lever i symbiotiske forhold til deres værtsorganisme og får næringsstoffer. Desuden nedbryder nogle bakterier organisk materiale og erhverver næringsstoffer. Auxotrofer og prototrofer er to grupper af mikroorganismer, der adskiller sig afhængigt af deres evne til at producere organiske forbindelser til deres vækst. Prototrofer kan syntetisere alle organiske forbindelser, der kræves til deres vækst, mens autotrofer ikke er i stand til at producere en bestemt organisk forbindelse, som er essentiel for dens vækst på grund af en mutation.
