Hovedforskellen mellem fagocytose og opsonisering er, at fagocytose er en mekanisme, der udføres af visse celler eller organismer for at indtage eller opsluge fremmede partikler, mens opsonisering er den proces, hvorved patogener fjernes fra systemet, når de markeres ved hjælp af opsoniner.
Immunologiske reaktioner kan være medfødte eller adaptive. Patogener har patogengenkendelsesreceptorer, der gør det lettere at blive identificeret af værten. Opsonisering og fagocytose er to immunologiske reaktioner. I opsonisering identificerer og markerer værten invaderende partikler til destruktion ved produktion af opsoniner. Fagocytose er en mekanisme, hvormed visse immunceller opsluger og ødelægger invaderende partikler eller fremmede partikler fra kroppen.
