Hovedforskellen mellem endocytose og fagocytose er, at endocytose er processen med at tage sagen ind i cellen ved at danne cellemembranvesikler, mens fagocytose er processen med at tage det store faste stof ind i cellen ved at danne fagosomer.
Endocytose og fagocytose er to transportmekanismer, der fører materialer ind i cellen. Endocytose er af tre kategorier. Blandt dem er fagocytose og pinocytose de to mest almindelige typer. Desuden er fagocytose en form for endocytose. Under begge mekanismer tages materialer i inde i vesikler. Disse materialer inkluderer celleaffald, enzymer, døde celler, patogener, hormoner, næringsstoffer osv. Den modsatte mekanisme ved endocytose er exocytose, som involverer fjernelse af materiale fra cellen, der er lukket i vesikler.
