Hovedforskellen mellem fagocytose og pinocytose er, at fagocytose er en form for endocytose, som optager faste stoffer gennem plasmamembranen til cellen, mens pinocytose er en anden form for endocytose, som optager væsker inklusive opløste stoffer og små molekyler gennem plasmamembranen til cellen.
Endocytose er en mekanisme, hvorved celler indtager makromolekyler og andre suspenderede partikler, herunder celledele, makromolekylære aggregater og fremmede partikler i cellen. Exocytose er den modsatte mekanisme ved endocytose, hvormed celler udelukker stoffer fra cellerne. Eksocytose finder hovedsageligt sted i sekretoriske celler. Der er to typer endocytose baseret på arten af de partikler, der tages i levende celler. De er fagocytose og pinocytose. Mekanismen, der anvendes i begge processer, er den samme. De danner vesikler, der omgiver materialerne for at tage dem ind. Begge processer er aktive processer. Derfor kan du observere mitokondrier nær overfladerne, hvor disse processer forekommer.
