Hovedforskellen mellem endocytose og exocytose er, at endocytose bringer stoffer ind i cellen, mens exocytose transporterer stoffer til ydersiden af cellen.
En celle har en cellemembran, der fungerer som en barriere mellem celleindretningen og det ydre miljø. Derfor har celler en sådan membran en eller anden form for transportmekanisme for at forbinde med det eksterne miljø. For eksempel har celler brug for at få næringsstoffer og udskille affald fra cellen. Til dette formål har celler fire grundlæggende mekanismer for transport: diffusion, osmose, aktiv transport og bulktransport. Diffusion og osmose er passive processer, mens aktiv transport og bulktransport er aktive processer, der forbruger energi. Endocytose og exocytose er to typer bulktransportmekanismer, som transporterer store partikler gennem plasmamembranen, enten fra celle til det eksterne miljø eller fra det eksterne miljø til cellen. Begge disse mekanismer danner membranbundne vesikler som transportmiddel.
