Hovedforskellen mellem opsonisering og neutralisering er afhængig af den måde, de udfører det immunologiske respons på. Ved opsonisering er patogenerne markeret inden de destrueres, mens patogenet neutraliseres i neutralisering.
Immunologiske reaktioner kan være medfødte eller adaptive. Patogener har patogengenkendelsesreceptorer, som gør det lettere at identificere dem af værten. I opsonisering producerer værten opsoniner. Ved neutralisering producerer værten imidlertid neutraliserende antistoffer for at neutralisere virkningen af antistof-antigen-reaktionen.
