Hovedforskellen mellem alloantistof og autoantistof er, at alloantistoffet er et antistof produceret mod alloantigener, som er fremmede antigener indført ved transfusion eller graviditet. I mellemtiden er autoantistoffet et antistof, der reagerer med selvantigener.
Antistoffer produceres som et resultat af et immunrespons. De kan afspejle tilstedeværelsen, arten og intensiteten af et immunrespons. Immunsystemet bør være i stand til at identificere selvantigener og fremmede antigener separat. Det er afgørende for dets funktion. B-celler i immunsystemet producerer antistoffer mod antigener. Alloantistoffer og autoantistoffer er to typer af sådanne antistoffer. Alloantistoffer produceres på grund af introduktion af alloantigener i kroppen ved transfusion eller graviditet. I modsætning hertil er autoantistoffer antistoffer, der reagerer med selvantigener. Reaktionen af autoantistoffer med selvantigener er ansvarlig for inflammation, beskadigelse og dysfunktion i væv og organer, hvilket fører til tegn og symptomer på autoimmune lidelser.
