Hovedforskellen mellem plastoquinon og plastocyanin er, at plastoquinon er et lipofilt bærermolekyle, der overfører elektroner til plastocyanin gennem cytokrom b6f-proteinkompleks. Men, plastocyanin er en lille vandopløseligt blåt kobber protein, der accepterer et par elektroner fra cytochrom bs 6 f kompleks og sender det til fotosystem I i thylakoid rum.
Fotosyntese har to typer reaktioner som lysafhængige reaktioner og lysuafhængige reaktioner. Disse to typer fotosystemer spiller en vigtig rolle i lysafhængige reaktioner. De er fotosystem I og II. Fotosystemer er store komplekser af proteiner og pigmenter eller lysabsorberende molekyler. De fanger energi fra sollys. P700 er reaktionscenteret for fotosystem I, mens P680 er reaktionscenteret for fotosystem II. Hvert fotosystem absorberer lys og producerer ATP via fotofosforylering. De producerer også NADPH. Flere typer elektronacceptorer deltager i de lysafhængige reaktioner. Plastoquinon og plastocyanin er to typer molekyler involveret i elektrontransportkæden.
