Hovedforskellen mellem O- og H-antigen er, at O-antigen er den yderste del af bakteriens overfladebeklædning, mens H-antigen er den slanke trådlignende struktur, der er en del af flagellen.
Antigener er molekylære genkendelsessteder til stede i mange bakterier, svampe, vira, støvpartikler og andre cellulære og ikke-cellulære partikler, som kunne genkendes af værtsimmunsystemet. Generelt er de fleste antigener til stede på celleoverfladen. Strukturelt kan antigener være proteiner, aminosyrer, lipider, glycolipider eller glycoproteiner eller nukleinsyremarkører. Disse molekyler har en specifik evne til at skabe et immunrespons i værten. Dette immunrespons frembringes ved at udløse produktionen af antistoffer som et tilsvarende resultat.
Antigener anvendes generelt i serotype-identifikationssystem for bakterierne. Salmonella er en bakteriel slægt, der har mange serotyper. Serotyper er grupper af mikroorganismer inden for den samme art. Disse serotyper kan skelnes ved anvendelse af kombinationen af O-antigen og H-antigen. O-antigen er en LPS-sidekæde, mens H-antigen er en del af flagellen.
