Hovedforskellen mellem UTR og intron er, at UTR er en ikke-kodende nukleotidsekvens, som er inkluderet i den modne mRNA-sekvens, mens intron er en sekvens, der ikke er inkluderet i det modne mRNA-molekyle.
UTR eller ikke-translateret region er en ikke-kodende sekvens, som findes i mRNA-molekylet. På hver side af mRNA-sekvensen kan vi se en UTR. Derfor er der to UTR'er som 5'UTR og 3'UTR. I modsætning hertil er en intron en ikke-kodende sekvens, som findes mellem exoner af genet. Introner splejses af, når der fremstilles mRNA. Derfor ses introner ikke i mRNA-sekvensen. Imidlertid er både UTR og intron vigtige elementer i eukaryote genomer.
