Hovedforskellen mellem energistrøm og stofcykling er, at energistrømmen viser energitransmissionen fra et trofisk niveau til det næste trofiske niveau i fødekæder, mens stofcykling viser strømmen eller cyklingen af elementer gennem de levende og ikke-levende dele af økosystemer.
Energi strømmer i et økosystem gennem fødekæder. Tilsvarende cykler elementer gennem forskellige dele af jorden. Sol er energikilden i de fleste økosystemer. Primære producenter fikserer sollysets energi i kulhydrater. Forbrugere, især planteædere, spiser mad produceret af producenterne. Derefter afhænger kødædere og omnivorer af planteædere. Ligeledes strømmer energi gennem forskellige trofiske niveauer. Samtidig genanvendes stof via forskellige processer. Faktisk bevæger sig både energi og stof fra en organisme til en anden i fødekæder.
