Hovedforskellen mellem flagskibs- og paraplyarter er, at flagskibsarter er en art, der fungerer som et symbol eller ikon for et defineret habitat, mens paraplyarter er den art, der indirekte er involveret i bevarelsen af mange andre arter på økosystem- eller landskabsniveau.
I et økosystem er der forskellige typer levende organismer. Disse arter interagerer sig selv gennem forskellige typer processer såsom rovdyr, parasitisme, mutualisme, symbiose og konkurrence. Bevarelsen af arter kan være subjektiv, og det er ikke let at bestemme arternes status. Derfor kan nogle arter, såsom paraplyarter, keystone-arter og flagskibsarter, bruges for at lette konserveringen. Ændringerne i disse arter angiver status for andre arter i økosystemet. Derfor gør det bevarelsesbeslutninger lettere.
