Hovedforskellen mellem gametofytisk og sporofytisk selvkompatibilitet er, at i gametofytisk selvkompatibilitetssystem bestemmes pollenfænotype af dens gametofytiske haploide genotype, mens pollenfænotype i sporofytisk selvkompatibilitet bestemmes af plantens diploide genotype.
Selvkompatibilitet er en pollineringsmekanisme i planter. Det forhindrer primært selvbestøvning og håndhæver krydsbestøvning, hvilket er en evolutionær fordel. Selvkompatibilitet opstår som et resultat af negative kemiske interaktioner mellem pollen og stilvæv inden for den samme allel. Selvom pollen og pistiller er levedygtige og frugtbare, finder pollenspiring ikke sted i disse planter. Når pollenspirning ikke sker, kan pollenrøret ikke dannes. Derefter undgår pollen at levere mandlige kønsceller til kvindelige kønsceller til befrugtning. Som et resultat kan de ikke producere frø.
Der er to store selvkompatibilitetssystemer som gametofytisk selvkompatibilitet og sporofytisk selvkompatibilitet. De er selvstændige inkompatibilitetssystemer med enkelt locus, der er baseret på et enkelt multi-allelt locus (S). Dette locus består af en pistil, der udtrykker S-gen, og et pollen, der udtrykker S-gen.
