Nøgleforskel - Benzonase vs DNase
Nedbrydning af nukleinsyrer er vigtig for mange molekylærbiologiske teknikker. Det bruges i vid udstrækning i rekombinant DNA-teknologi til at slippe af med uønskede fragmenter af DNA og RNA. Nukleinsyrenedbrydelige enzymer kaldes nukleaser, og de kan være af forskellige typer baseret på den krævede funktion. Nukleaser, der nedbryder DNA, er kendt som DNaser, mens de, der nedbryder RNA, er kendte RNaser. Disse enzymer anvendes mest i in vitro-eksperimenter, hvor der udføres in vitro-molekylære tests for at isolere rent DNA, RNA eller proteiner. Benzonaser er en type nukleaser, der nedbryder både DNA og RNA, mens DNaser kun nedbryder DNA. Dette er nøgleforskellen mellem Benzonase og DNase.
INDHOLD
1. Oversigt og
nøgleforskel 2. Hvad er Benzonase
3. Hvad er DNase
4. Ligheder mellem Benzonase og DNase
5. Sammenligning side om side - Benzonase vs DNase i tabelform
6. Resumé
Hvad er Benzonase?
Benzonase er en genetisk manipuleret endonuklease fra Serratia marcescens. Dette enzym produceres i E. coli-værter i industriel skala. Benzonase er i stand til at spalte dobbeltstrenget DNA, lineært DNA, cirkulært DNA og enkeltstrenget RNA. Benzonase er således kommercielt vigtig. Benzonaseenzym er en proteindimer, der har 245 identiske aminosyrer, ~ 30 kDa underenheder med to essentielle disulfidbindinger. Benzonase spalter nukleinsyrer i sin 5'-ende og resulterer i fragmenter med frie 5'ender. Benzonase kan spalte nukleinsyrer i enhver sekvens, men foretrækker GC-rige regioner.
Benzonase opbevares ved -20 0 C. Den optimale pH for enzymaktivitet viser sig at være 8,0 - 9,2. Anvendelserne af Benzonase inkluderer prøveforberedelse til protein 2D-gelelektroforese, hvor Benzonase fjerner bundne nukleinsyrer og fjernelse af nukleinsyreforureninger fra rekombinante proteinpræparater. Det bruges også til at reducere viskositeten af proteinekstrakter og forhindre sammenklumpning af celler i en celleblanding.
Hvad er DNase?
DNase er et nuklease, hydrolytisk enzym, som kun er i stand til at spalte dobbeltstrenget DNA. Der er to hovedtyper af DNaser: DNase I og DNase II. DNase I deltager i spaltning af dobbeltstrenget DNA for at producere polynukleotider med 5'-frie ender. DNase II er involveret i spaltning af dobbeltstrenget DNA for at producere polynukleotidstrenge med 3'-frie ender eller udhæng.
DNase I
DNase I fungerer ved en optimal pH mellem 7,0 - 8,0. Enzymaktiviteten afhænger af mange ioniske cofaktorer, der inkluderer Ca2 +, Mg2 + eller Mn2 +. Aktiviteten af Mg 2+ og Mn 2+ bestemmer funktionen af DNase I. I nærvær af Mg 2+ spalter DNase I hver streng af dsDNA uafhængigt. Dette finder sted på en tilfældig måde. I modsætning hertil spalter enzymet i nærvær af Mn2 + begge DNA-strenge på omtrent det samme sted. Denne spaltning vil resultere i produktion af to typer DNA-fragmenter; en type med stumpe ender og en anden type med et eller to nukleotidoverhæng.
Figur 02: DNase
DNase II
DNase II-funktioner ved en optimal pH-værdi på 4,5-5,0, og der kræves divalente metalioner for dets aktivitet, svarende til DNase I. Mekanismen for DNase II er kendt for at bestå af tre hovedtrin.
- Flere enkeltstrengsbrud induceres i DNA-rygraden.
- Syreopløselige nukleotider og oligonukleotider fremstilles.
- Ikke-lineær hyperkromisk forskydning forekommer i den sidste fase.
De vigtigste hæmmere af DNase-enzym inkluderer metalchelatorer, overgangsmetaller og kemikalier såsom natriumdodecylsulfat og β - mercaptoethanol.
De vigtigste anvendelser af DNase inkluderer fremstilling af DNA-fri RNA-ekstrakter og proteinekstrakter og fjernelse af skabelon-DNA under in vitro-transkriptionseksperimenter.
Hvad er lighederne mellem Benzonase og DNase?
- Begge er hydrolytiske enzymer.
- Begge er nukleaser.
- Begge deltager ved at spalte phosphodiesterbindingerne af nukleinsyrer.
- Begge kræver en optimal pH-værdi og opbevaringstemperaturer for at opretholde enzymets aktivitet.
- Inhibitorer af enzymer inkluderer chelateringsmidler, overgangsmetaller og kemikalier for vaskemiddel.
- Ansøgninger er primært fokuseret på at opnå ekstrakt af høj renhed af DNA, RNA og proteiner.
- Begge enzymer kan produceres via genteknologi.
Hvad er forskellen mellem Benzonase og DNase?
Diff artikel midt foran bordet
Benzonase vs DNase |
|
| Benzonase er et enzym, der er i stand til at spalte dobbeltstrenget DNA, lineært DNA, cirkulært DNA og RNA. | DNase er et enzym, der er i stand til at spalte dobbeltstrenget DNA. |
| Substrat til enzymet | |
| Både DNA og RNA er substrater for benzonase. | DNA er substratet for DNase. |
| Struktur | |
| Det optimale pH-område for Benzonase er 7,0 -8,0 | Optimale pH-intervaller for DNase I er 7,0 - 8,0 og DNase II er 4,5 - 5,0. |
Resumé - Benzonase vs DNase
Nuclease-enzymer anvendes i vid udstrækning i forskellige eksperimentelle procedurer med hensyn til molekylærbiologi og genteknologi. Benzonase og DNase er to typer nukleaser. Benzonase er involveret i nedbrydning af både DNA og RNA, mens DNase er involveret i spaltning af dobbeltstrenget DNA. Dette er den grundlæggende forskel mellem benzonase og DNase. På nuværende tidspunkt produceres begge disse nukleasetyper ved hjælp af rekombinant DNA-teknologi, der giver enzymer af højere kvalitet, der er optimeret til maksimal produktion.
Download PDF-version af Benzonase vs DNase
Du kan downloade PDF-version af denne artikel og bruge den til offlineformål som pr. Citatnote. Download venligst PDF-version her Forskellen mellem Benzonase og DNase
