Hovedforskellen mellem homologe strukturer og vestigiale strukturer er, at homologe strukturer er de anatomisk lignende strukturer, der findes i forskellige organismer, der deler en fælles forfader, mens vestigiale strukturer er de anatomiske strukturer, der har mistet deres anvendelighed for en organisme.
Homologe strukturer er vestigiale strukturer er to typer anatomiske strukturer, som er evolutionære vigtige. Homologe strukturer er lignende strukturer, der findes i forskellige organismer, der kommer fra en fælles forfader. I modsætning hertil er vestigiale strukturer strukturer, der ikke længere er nyttige for organismer og har en reduceret størrelse.