Hovedforskellen mellem homologe og homologe kromosomer er, at homologe kromosomer er kromosomer med fælles herkomst, mens homologe kromosomer er kromosomer, der har en tvetydig natur og er delvist homologe.
Kromosomer er de strukturelle komponenter, der bærer genetisk information om en organisme. Det nukleare materiale i eukaryoter er arrangeret til at danne kromosomer, som er kompakte strukturer af nukleinsyrer og proteiner. Desuden er der forskellige typer kromosomer baseret på den måde, hvorpå de gennemgår celledeling. Homologe og homologe kromosomer er to typer kromosomer, der spiller en vigtig rolle inden for genetik.