Hovedforskellen mellem kromatin og kromosomer er, at kromatin er ufiltret og udfoldet DNA, der eksisterer som et kompleks af DNA og histonproteiner, mens kromosomer indeholder den højeste kondenserede struktur af DNA-dobbelthelixen til korrekt adskillelse af det genetiske materiale mellem datterceller.
Kromatin og kromosom er to kategorier af strukturer i den dobbelte DNA-helix, der er til stede i forskellige faser af cellen. Det er vigtigt at pakke hele DNA'et, der lagrer genetisk information af cellen i den eukaryote kerne for eksistens. Derfor er kromatin den sædvanlige form for pakket DNA i cellen. På den anden side er kromosomer de vigtigste strukturer i cellen under celledeling, og de indeholder det genetiske materiale i form af DNA. Dette skyldes, at de er ansvarlige for overførslen af arvelig information fra generation til generation. Der er to typer kromosomer som autosomer og kønskromosomer. Sexkromosomer er vigtige i kønsbestemmelse, mens autosomer bestemmer de andre egenskaber. Generelt vises kromosomer under metafase af celledeling.
