Hovedforskellen mellem knock in og knockout er afhængig af metoden, der bruges til at skabe en transgen organisme. I gen-knock-in finder indsættelse af et nyt gen sted, mens der i gen-knockout fjernes et eksisterende gen for at skabe en transgen organisme.
Transgene organismer er organismer med en ændret genetisk konstitution. 'Rekombinante organismer' er et synonym for dem. I de fleste tilfælde indeholder transgene organismer gavnlige egenskaber. Når der oprettes transgene organismer, bliver gener målet. Efter behov kan et gen introduceres eller fjernes. Gen knock in refererer til introduktionen af et nyt gen, mens gen knockout henviser til fjernelsen af et gen.
