Hovedforskellen mellem biokulstof og fossilt kulstof er, at biokulstof er en form for vedvarende kulstof, der findes i biologiske systemer såsom planter, dyr, mikroorganismer, jord og oceaner, mens fossilt kulstof er en form for ikke-vedvarende kulstof, der findes i fossile brændstoffer.
Kulstof er et makroelement til stede i alle levende organismer og ikke-levende komponenter. Kulstof cirkulerer gennem lithosfæren, atmosfæren og hydrosfæren for at opretholde ligevægt. Derfor findes kulstof i forskellige former som gas, fast og flydende. Det vigtigste kulstofreservoir er det atmosfæriske kulstof i form af kuldioxidgas. Udveksling af kulstof opretholder en naturlig ligevægt. Men denne balance er forvrænget i vid udstrækning på grund af menneskelige aktiviteter. Biokulstof og fossilt kulstof er de to vigtigste former for kulstof.
