Hovedforskellen mellem positiv og negativ ionisering i massespektrometri er, at den positive ionisering danner positivt ladede ioner, mens den negative ionisering danner negativt ladede ioner.
Massespektrometri eller MS er en teknik inden for analytisk kemi, der måler masse-til-ladningsforholdet mellem ioner. Slutresultatet af denne teknik kommer som et massespektrum, der vises som et intensitets plot. Yderligere tegnes dette plot som en funktion af mass-til-ladnings-forholdet. Til massespektrometri er det instrument, vi bruger, et massespektrometer. Når vi introducerer vores prøve i dette instrument, gennemgår prøve molekyler ionisering. Her er det meget vigtigt at vælge den rigtige ioniseringsteknik, fordi den har stor indflydelse på slutresultatet. Hvis vi bruger en reagensgas, f.eks. Ammoniak, vil det medføre, at ioniseringen af prøvemolekyler kun danner positive ioner eller kun negative ioner afhængigt af instrumentets opsætning.
