Hovedforskellen mellem pyridin og pyrimidin er, at pyridinstrukturen ligner strukturen af benzen med en methylgruppe erstattet af et nitrogenatom, mens pyrimidinstruktur, selvom den også ligner strukturen af benzen, har to methylgrupper erstattet af nitrogenatomer.
Pyridin og pyrimidin er organiske forbindelser. Disse er navngivet som heterocykliske organiske forbindelser, fordi de er cykliske strukturer med to forskellige typer atomer, der fremstiller ringen. Disse ringstrukturer indeholder kulstof- og nitrogenatomer.