Hovedforskellen mellem fluxionalitet og tautomerisme er, at fluxionalitet refererer til udvekslingen af nogle eller alle atomer i et molekyle, mens tautomerisme refererer til udvekslingen af protoner mellem molekyler.
Begge udtryk fluxionalitet og tautomerisme henviser til udskiftning af atom (er) mellem forskellige positioner såsom aksiale og ækvatoriale positioner. Hvis disse forskellige positioner ligger på det samme molekyle, er det fluxionalitet. Men hvis det udskiftede atom er et hydrogenatom (en proton) og af positionerne er i to forskellige molekyler, kaldes det tautomerisme.
