Hovedforskellen mellem prototropi og tautomerisme er, at prototropi diskuterer to former for et molekyle, der kun adskiller sig fra hinanden i positionen for en bestemt proton, mens tautomeri diskuterer interkonvertering af to strukturelle isomerer via flytning af atomer eller bindinger.
Prototropi er en form for tautomeri; det er den mest almindelige form for tautomerisme. Tautomerisme er et begreb inden for organisk kemi, der beskriver omdannelsen af en strukturel isomer til en anden isomer via flytning af atomer eller bindinger. Hvis flytningen sker i en proton i molekylet, kalder vi det prototropi. Derfor er denne type tautomerisme kendt som prototropisk-tautomerisme.
