Hovedforskellen mellem polysaccharid- og konjugatvacciner er, at polysaccharidvacciner kun indeholder frie polysaccharider som antigener, mens konjugerede vacciner indeholder polysaccharider kombineret med et proteinmolekyle.
Polysaccharid- og konjugatvacciner er to typer vacciner. Polysaccharidvacciner indeholder kun polysaccharidkapslen som antigen for at stimulere et immunrespons. Derfor forårsager de et ubetydeligt immunrespons sammenlignet med konjugerede vacciner. Konjugatvacciner indeholder polysaccharider konjugeret til et immunogent protein. Derfor fremkalder de et stærkere immunrespons. Desuden etablerer konjugerede vacciner B-cellehukommelse og langvarig immunisering. På nuværende tidspunkt har konjugerede vacciner i høj grad erstattet polysaccharidvaccinerne.
