Hovedforskellen mellem Cyanobakterier og Proteobakterier kan ikke udledes specifikt. Imidlertid er cyanobakterier, kendt som blågrønne alger, fuldstændig fotosyntetiske, mens proteobakterier består af en lang række gramnegative organismer, hvoraf nogle organismer er fotosyntetiske.
Selvom Cyanobakterier og Proteobakterier har mange fælles egenskaber, baseret på deres evne til fotosyntese, kan de adskille sig fra hinanden. Imidlertid er de begge industrielt vigtige organismer såvel som sygdomsfremkaldende organismer.
