Hovedforskellen mellem cyanobakterier og alger er, at cyanobakterier er en gruppe prokaryote bakterier, mens alger er små eukaryote plantelignende organismer.
Fotosyntese er en ekstremt vigtig proces, der omdanner sollysens energi til kemisk energi fra kulhydrater. Derfor er det processen, der gør det muligt for visse organismer at fremstille deres egne fødevarer, og disse organismer er kendt som fotoautotrofer. Ligeledes er grønne planter, alger og cyanobakterier tre typer fotoautotrofer. Blandt disse tre typer er cyanobakterier prokaryoter, som er bakterier. På den anden side er grønne planter og alger eukaryote organismer. Når man overvejer cyanobakterier og alger, er de mikroskopiske organismer i modsætning til grønne planter. Imidlertid adskiller cyanobakterier og alger sig hovedsageligt af hinanden ved den cellulære organisation. Formålet med denne artikel er at forklare forskellen mellem cyanobakterier og alger.
