Hovedforskellen mellem komplementære og supplerende gener er, at de komplementære gener kræver tilstedeværelse af hvert gen for at udtrykke træk, mens kun et gen ud af de to supplerende gener kræver tilstedeværelse af det andet gen, når det udtrykker træk.
Gener interagerer med hinanden, når de producerer et træk hos et individ. Disse interaktioner er komplekse og har brug for en dybdegående analyse for at forstå, hvordan de arbejder sammen, og hvordan tilstedeværelsen af generne påvirker ekspressionen af træk. Komplementære og supplerende gener er to sådanne gener, der interagerer med hinanden, når de producerer et træk. De viser epistatiske geninteraktioner, hvilket betyder, at effekten af et gen er afhængig af tilstedeværelsen af det andet gen.
