Hovedforskellen mellem gelfiltrering og gelpermeationskromatografi er, at den mobile fase af gelfiltreringskromatografi er en vandig opløsning, hvorimod den mobile fase af gelpermeationskromatografi er et organisk opløsningsmiddel.
Både gelfiltrering og gelpermeationskromatografi hører under kategorien af størrelsesekskluderingskromatografi, hvor vi kan adskille molekylerne i en opløsning afhængigt af deres størrelse. Det vil sige, nogle gange kan vi adskille molekylerne i henhold til deres molekylvægt. Normalt bruger vi disse teknikker til at adskille komplekse molekyler såsom proteiner og i industriel skala til at adskille polymermaterialer. Hovedforskellen mellem gelfiltrering og gelpermeationskromatografi er i den mobile fase, vi bruger i hver teknik.
