Nøgleforskellen mellem nukleotid og nukleosid er, at nukleotidet indeholder en phosphatgruppe, mens nukleosidet mangler en phosphatgruppe.
Nukleosider og nukleotider er en lignende type molekyler, der adskiller sig ved en lille strukturændring. Både nukleotid og nukleosid er sammensat af de samme to komponenter; et pentosesukker og en nitrogenholdig base. Derudover har nukleotid en eller flere phosphatgrupper. Derfor kan et nukleosid ved at tilsætte en phosphatgruppe omdannes til et nukleotid af de enzymer, der kaldes kinase. Nukleotid er byggestenen for nukleinsyrer. På den anden side er nukleosider gode anticancer- og antivirale stoffer.