Hovedforskellen mellem DNA og kromosom er organisationen af deres struktur. DNA er en dobbeltstrenget sammenrullet polymer sammensat af deoxyribonukleotider, mens kromosomet er en trådlignende struktur sammensat af DNA-molekyler tæt sammenviklet med histonproteiner.
DNA og kromosomer er to forskellige niveauer af strukturelle organisationer af det genetiske materiale. DNA er en enklere struktur sammensat af en dobbelt helix af nukleotider. I modsætning hertil er kromosomer komplekse, organiserede strukturer sammensat af protein og DNA foldet på en bestemt måde. Selvom DNA og kromosom adskiller sig fra hinanden i strukturen af strukturer, spiller begge en vigtig rolle i bestemmelsen af de fysiske og funktionelle egenskaber ved en organisme baseret på det opbevarede arvelige materiale.