Hovedforskellen mellem bakterier og eukaryoter er, at bakterierne mangler en ægte kerne og membranbundne organeller, mens eukaryoter har en ægte kerne og membranbundne organeller.
Cellen er den grundlæggende funktionelle og strukturelle enhed for alle levende organismer. Afhængig af cellens grundlæggende struktur er der to grundlæggende kategorier af organismer, nemlig prokaryoter og eukaryoter. Prokaryoter er encellede organismer med enkle cellestrukturer. De inkluderer to hovedgrupper; Bakterier og arkæer. På den anden side har eukaryoter komplekse cellulære strukturer med velorganiserede celler. De inkluderer protister, svampe, planter og dyr. Da både bakterier og eukaryoter er levende organismer, deler de nogle ligheder såsom at have en cellemembran, ribosomer, DNA, der bærer genetisk information osv. Da bakterier er prokaryoter, viser bakterier og eukaryoter mange strukturelle og funktionelle forskelle med eukaryoter. Denne artikel har til hensigt at fremhæve forskellen mellem bakterier og eukaryoter.
