Hovedforskellen mellem fotosyntetiske og kemosyntetiske bakterier er, at fotosyntetiske bakterier får energi fra sollys for at producere kulhydrater, mens kemosyntetiske bakterier får energi fra oxidation af uorganiske stoffer for at producere kulhydrater.
Organismer kan kategoriseres ud fra deres ernæring. Autotrofer og heterotrofer er to sådanne hovedkategorier. Autotrophs kan producere deres egen mad, mens heterotrophs afhænger af andre organismer for fødevarer, da de ikke kan producere deres egen mad. For at producere deres egen mad eller kulhydrater bruger autotrofer to hovedprocesser: fotosyntese og kemosyntese.
Fotosyntese drives af solenergi, mens kemosyntese drives af den energi, der stammer fra oxidationen af kemiske forbindelser, hovedsageligt uorganiske stoffer. Der er fotosyntetiske og kemosyntetiske bakterier. Fotosyntetiske bakterier producerer mad ved fotosyntese, mens kemosyntetiske bakterier producerer mad ved den energi, der opnås ved nedbrydning af kemikaliet.
