Hovedforskellen mellem genetisk materiale af prokaryoter og eukaryoter er, at genetisk materiale af prokaryoter flyder i cytoplasmaet, da de ikke har en kerne, mens det genetiske materiale af eukaryoter ligger inde i kernen. En anden vigtig forskel mellem er, at prokaryoter har et lille genom og indeholder plasmider. De har også et stort rullet dobbeltstrenget cirkulært kromosom, mens eukaryoter har et større genom og ikke har plasmider.
Prokaryoter og eukaryoter er to typer organismer. Bakterier og Archaea er prokaryoter. Prokaryoter har en simpel cellulær organisation. De har ikke en kerne og sande organeller. På den anden side har eukaryoter en kompleks cellulær organisation med en membranbundet kerne og ægte organeller. Svampe, protister, planter og dyr er eukaryoter.
